| 長崎市 （21） | 諫早市 （11） | 大村市 （20） | 佐世保市（9） | 平戸市（3） |
| 雲仙市（7） | 島原市（3） | 南島原市（2） | 東彼杵郡東彼杵町（3） | 東彼杵郡波佐見町（9） |
| 東彼杵郡川棚町（2） | 西彼杵郡時津町（3） | 西彼杵郡長与町（1） | 北松浦郡佐々町（1） |
長崎市 （21）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1265 | 鎮西大社諏訪神社 | 長崎市上西山町18-15 | 旧国幣中社、長崎三社 |
| 1266 | 山王神社 | 長崎市坂本2-5-6 | 旧縣社、被爆した一本柱鳥居 |
| 1267 | 西山神社 | 長崎市西山本町8-18 | |
| 1268 | 松森天満宮 | 長崎市上西山4-3 | 長崎三社 |
| 1269 | 伊勢宮 | 長崎市伊勢町2-14 | 長崎三社 |
| 1270 | 大浦諏訪神社 | 長崎市相生町10-1 | 大浦天主堂そば |
| 1271 | 松嶋稲荷神社 | 長崎市本河内1-10-1 | |
| 1272 | 中川八幡神社 | 長崎市中川2-9-21 | 長崎五社 |
| 1273 | 若宮稲荷神社 | 長崎市伊良林2-10-2 | |
| 1274 | 宮地嶽八幡神社 | 長崎市八幡町8-6 | 陶器の鳥居 |
| 1275 | カステラ神社 | 長崎市南山手町1-18 | |
| 1276 | 長崎県護國神社 | 長崎市城栄町41-67 | |
| 1277 | 八坂神社 | 長崎市鍛冶屋町8-53 | |
| 1278 | 東照宮 | 長崎市上西山町 | 長崎県神社庁横 |
| 1279 | 大崎神社 | 長崎市本石灰町6-17 | |
| 1280 | 梅園身代り天満宮 | 長崎市丸山町2-20 | 歯痛狛犬 |
| 1281 | 長崎大神宮 | 長崎市栄町6-12 | |
| 1956 | 稲荷神社 | 長崎市万屋町 | |
| 3548 | 滑石太神宮 | 長崎市住吉町13-6 | |
| 3549 | 住吉神社 | 長崎市滑石6-1-11 | |
| 3550 | 八幡神社 | 長崎市若草町2-1 |
諫早市 （11）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1743 | 諫早神社 | 諫早市宇都町1-12 | 旧縣社 |
| 1744 | 高城神社 | 諫早市高城町1-5 | 旧縣社 |
| 1745 | 御館山稲荷神社 | 諫早市宇都町61-1 | |
3013 |
久山年神社 | 諫早市久山町2275-2 | |
3014 |
阿蘇神社 | 諫早市多良見町化屋862 | |
3015 |
鹿神社 | 諫早市多良見町木床1012 | |
3016 |
大神宮 | 諫早市多良見町木床 | |
3017 |
貴船神社 | 諫早市栗面町 | |
3018 |
福田神社 | 諫早市福田町45-1 | |
3019 |
八坂神社 | 諫早市八坂町5-25 | |
3020 |
愛宕社 | 諫早市宇都町30-30 | 肥前鳥居 |
大村市 （20）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1746 | 大村神社 | 大村市玖島1-34 | 旧縣社 |
| 1747 | 昊天宮 | 大村市宮小路2-537-1 | |
| 1748 | 富松神社 | 大村市三城町1248 | |
| 1749 | 氷川神社 | 大村市田下町1554-2 | |
| 3021 | 大神宮神社 | 大村市大里町 | |
3022 |
市杵嶋神社・竜神社 | 大村市久原1-140 | |
3023 |
熊野神社 | 大村市久原1丁目 | |
3024 |
熊野神社 | 大村市久原2丁目 | |
3025 |
野田神社 | 大村市木場1丁目 | |
3026 |
春日神社 | 大村市玖島2丁目 | |
3027 |
大村護國神社 | 大村市玖島2丁目505 | |
3028 |
旭神社 | 大村市東本町 | |
3029 |
八幡神社 | 大村市東本町 | |
3030 |
片町稲荷神社 | 大村市片町 | |
3031 |
皇大神宮神社 | 大村市西本町493 | 旧郷社 |
3032 |
熊野神社 | 大村市原町 | |
3033 |
愛宕大権現 | 大村市荒瀬町 | |
3034 |
熊野神社 | 大村市池田2-1124 | |
3035 |
松原八幡神社 | 大村市松原本町319-4 | |
3036 |
弁財天 | 大村市松原2丁目 |
佐世保市 （9）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1968 | 早岐神社 | 佐世保市早岐2-33-2 | |
| 1969 | 住吉神社 | 佐世保市広田2-5-2 | 旧郷社 |
| 1970 | 須佐神社 | 佐世保市高梨町1-9 | |
| 1971 | 亀山八幡宮 | 佐世保市八幡町3-3 | 旧縣社 |
| 1972 | 宮地嶽神社 | 佐世保市宮地町1-7 | |
| 1973 | 春日神社 | 佐世保市春日町15-38 | |
| 1974 | 祝詞神社 | 佐世保市田原町126 | |
| 1975 | 白岳神社 | 佐世保市白岳町725 | |
| 1976 | 飯盛神社 | 佐世保市相浦町2371 | 旧郷社 |
平戸市 （3）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1978 | 志々伎神社 | 平戸市野子町251 | 旧縣社、式内社 |
| 1979 | 金毘羅神社 | 平戸市野子町4218 | |
| 1980 | 亀岡神社 | 平戸市岩の上町1517 | 旧縣社、平戸城 |
雲仙市 （7）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 2139 | 温泉神社 | 雲仙市小浜町雲仙319 | 旧縣社、九州総守護 |
| 2140 | 普賢神社 | 雲仙市小浜町雲仙 | |
| 2141 | 妙見神社 | 雲仙市小浜町雲仙 | |
| 2142 | 木花開耶姫神社 | 雲仙市小浜町雲仙 | |
| 2143 | 八坂神社 | 雲仙市小浜町雲仙 | |
| 2144 | 橘神社 | 雲仙市千々石町己529 | 旧縣社、大門松 |
| 2145 | 千々石温泉神社 | 雲仙市千々石町己83 |
島原市 （3）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 2146 | 霊丘神社 | 島原市弁天町2-7341 | 旧縣社 |
| 2147 | 猛島神社 | 島原市宮の町 | 旧縣社 |
| 2148 | 正地稲荷神社 | 島原市栄町8678 |
南島原市 （2）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 2149 | 内野水源神社 | 南島原市深江町甲4824-1 | 内野湧水 |
| 2150 | 諏訪神社 | 南島原市深江町丁3142 |
東彼杵郡東彼杵町 （4）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1966 | 彼杵神社 | 東彼杵郡東彼杵町蔵本郷1880-1 | 旧郷社 |
| 3037 | 八坂神社 | 東彼杵郡東彼杵町彼杵宿郷117 | |
| 3038 | 事代主神社 | 東彼杵郡東彼杵町大音琴郷74 | |
| 3039 | 弁財天 | 東彼杵郡東彼杵町大音琴郷 |
東彼杵郡波佐見町 （9）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1967 | 皿山大神宮 | 東彼杵郡波佐見町皿山郷 | 筒井関平作の神殿など |
| 2152 | 波佐見神社 | 東彼杵郡波佐見町岳辺田郷1057 | 旧郷社 |
| 3041 | 金屋神社 | 東彼杵郡波佐見町金屋郷2493 | 旧郷社 |
3042 |
村木大神宮神社 | 東彼杵郡波佐見町村木郷 | |
3043 |
鹿山神社 | 東彼杵郡波佐見町宿郷670 | |
3044 |
熊野神社 | 東彼杵郡波佐見町湯無田郷671 | |
3045 |
陶山神社 | 東彼杵郡波佐見町湯無田郷 | |
3046 |
井石神社 | 東彼杵郡波佐見町井石郷2060 | |
3047 |
三股天満宮 | 東彼杵郡波佐見町三股郷163 | 天井絵、山門 |
東彼杵郡川棚町 （2）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 2151 | 八幡神社 | 東彼杵郡川棚町石木郷字甲後351 | |
| 3040 | 豊姫神社 | 東彼杵郡川棚町白石郷1296 |
西彼杵郡時津町 （3）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 3545 | 祐徳稲荷神社 | 西彼杵郡時津町元村郷11 | |
| 3546 | 松尾神社 | 西彼杵郡時津町元村郷359-2 | |
| 3547 | 八幡神社 | 西彼杵郡時津町浦郷297 |
西彼杵郡長与町 （1）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 3544 | 岩淵神社 | 西彼杵郡長与町斉藤郷78 |
北松浦郡佐々町 （1）
| 通し番号 | 神社名 | 鎮座地 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 1977 | 三柱神社 | 北松浦郡佐々町羽須和免404 | 旧郷社 |
